简单计算可以发现，每次交易，仅监管部门收取的费用就高达交易金额的0.112%，如果再加上香港经纪佣金“市场指导价”0.25%，交易成本高达0.362%。不过，监管机构对港股通的佣金收费没有做统一规定，具体费用由券商和客户自由商议决定，而券商为争抢市场份额目前已推出多种佣金优惠措施。
另外，值得注意的是，与A股市场因交易产生税费不同，港股通投资者还会因持有证券市值而产生费用，费率在0.008%到0.003%不等。
除了交易成本构成繁琐复杂外，港股通投资者还需要面对汇兑损失和汇率波动风险。上交所17日晚公布了港股通首日交易的“结算汇率”，买入0.79143，卖出0.79017。与投资者下单时显示的买入参考汇率0.7671、卖出参考汇率0.8145相比，结算汇率还算“公道”，但参考汇率是出于审慎性考虑采取的先多扣后返还的做法，还是让投资者吓出一身“冷汗”。
评：港股通首日遇冷，大致原因有：
1、汇率因素，交易过程存在汇兑损失及汇率波动风险；
2、相比A股交易成本较高、繁杂；
3、标的少且蓝筹股为主（沪股通568个标的，港股通268个标的）；
4、港股受美股影响，中期走势不明。
有人群的地方，就有利益的纠葛和瓜分。沪港通推出，谁是赢家？谁是输家？
看市场反应，似乎港股、沪股你好我好大家一起好，两市都是上涨，你追我赶。但别忘了，市场的第一反应，往往短视、简单，流于表面。
我的看法，港交所会是确定性赢家，作为上市公司，业务拓展，双向收费；香港市场蓝筹之外，有机会开辟第二战场，迎合国人的投机需求，港股会有Ａ股化的潜质。上交所资金被分流，５０万资产规模以上的个人投资者可以分仓港股，有折价的蓝筹或有提振，但垃圾股、壳资源会贬值，算总帐可能是损人未必利己，收获是打击的竞争对手，你懂的。深交所很受伤，但不参与守住了底线，高估值的成长股短期有压力，但仍是实现中国梦的理想之城。
跨市场套利谈何容易？不说Ａ+Ｈ的定价差异，同在内地股市，Ａ股跟Ｂ股，Ａ股中的创业板、中小板和主板，定价模式和估值水平差多少？沪港通要跨越多少障碍？以人民币结算，怎么控制汇率风险？汇率的日间波幅已经是２%了，是每笔交易都换一次汇么？１３０亿的每日额度又是怎么回事？炒可以，但要知进退．
有人说，沪港通的推出，二季度大涨机会大增，我的看法恰恰相反，此时要多点风险意识。